李琎分配好兵士的田产之事，稳定军心后，就佯装中计，以采购战马为由出京，之后就失去了踪迹。

不久，李祖述就带着李琎的信物找到了申湛然，要求申湛然配合他的行动。

申湛然初时佯作不肯，不过当李祖述拿出李琎盗取太仓库银的证据，以及李琎送给申湛然、刘文炳等人的记录后，申湛然表现得十分愤怒，同时也故意显露出一丝软弱。

李祖述见状，又趁机劝解申湛然，告诉他，崇祯既已得到朱元璋的兵法真传，恐也继承了对方的残暴。